Clasificarea peşterilor se face în conformitate cu specificaţiile Legii nr. 462/2001 modificată şi completată prin Legea nr. 345/2006 şi ale OM nr. 604/2005 privind clasificarea peşterilor, după cum urmează:
"Clasa A: peşteri de valoare excepţională care, prin interesul ştiinţific sau unicitatea resurselor sunt reprezentative pentru patrimoniul speologic naţional şi internaţional;
Clasa B: peşteri de importanţă naţională care se disting prin mărime, raritatea resurselor şi prin potenţial turistic;
Clasa C: peşteri de importanţă locală, protejate pentru semnificaţia lor geologică, peisagistică, hidrologică, istorică sau pentru dimensiunile lor;
Clasa D: peşteri care nu întrunesc condiţiile pentru a fi incluse în clasele A, B şi C.” (L. 462/2001).

Peşteri integral de Clasă A:

• În judeţul Alba: P. Pojarul Poliţei, Avenul de la Tău, P. Hoanca Apei, P. Dârninii;
• În judeţul Bihor: Gheţarul Focul Viu, P. Micula, P. Smeilor de la Onceasa, P. Piatra Altarului, P. cu Oase
  
• În judeţul Cluj: P. Vârfuraşu, Avenul Poieniţa.

Peşteri cu sectoare de Clasă A şi B:

• În judeţul Alba:  Gheţarul Scărişoara, P. de sub Zgurăşti
• În judeţul Bihor: P. Urşilor-Chişcău, P. Rece, P. Poarta Alunului, P. Cerbului (Galeria Helictitelor), Avenul cu Vacă (Galeria Jderilor)
• În judeţul Cluj: P. Mare de pe Valea Firii (cunoscută şi ca P. Humpleu)

Peşteri integral de Clasă B:

• În judeţul Alba: Gheţarul de la Vârtop, P. Coiba Mare, P. Hodobana, Avenul cu Două Intrări, Avenul din Şesuri
• În judeţul Bihor: Avenul din Hoanca Urzicarului, P. Ponorul Mare, P. Diaclază, Izbucul Alunul Mic

Peşteri cu sectoare de Clasă B şi C:

• În judeţul Bihor: P. Cetăţile Ponorului

• În judeţul Alba: P. Coiba Mică, Izbucul Tăuz, Izbucul Coteţul Dobreştilor, Izbucul Poliţei, P. Poarta lui Ionele, Izbucul Mătişeşti
• În judeţul Bihor: Avenul Borţig, Cetăţile Rădesei