Localizată în inima Transilvaniei, şi găsindu-se relativ aproape de oraşul Cluj-Napoca, vechi centru universitar, zona din Munţii Apuseni actualmente inclusă în Parcul Natural Apuseni a fost vizitată şi studiată încă de pe vremea Imperiului Austro-Ungar.

Cele mai vechi trasee turistice din zonă, datând de prin anii 1900, au descrise şi marcate de către Czárán Gyula, un neobosit călător pe meleagurile Apusenilor.

Primele iniţiative în vederea constituirii unui parc în această zonă îi aparţin lui Emil Racoviţă, care la primul Congres al Naturaliştilor din România din aprilie 1928 a formulat clar scopul şi obiectivele creării unei arii protejate de dimensiuni mari în Munţii Apuseni. În anii ’50, ca urmare a altor descoperiri importante în explorarea endocarstului, au fost făcute demersuri de către Marcian Bleahu.

Alte personalităţi, ştiinţifice, dar nu numai, care de-a lungul timpului, prin studiile şi eforturile lor în domeniul conservării naturii, şi-au legat numele de carstul din Munţii Apuseni sunt Zeno Oarcea, Iosif Viehmann, Anna Marossy, Valeriu Puşcariu şi Nicolae Boşcaiu, Cristian Pop şi mulţi alţii.

În anii ’70 s-a pregătit prima documentaţie ştiinţifică privind declararea parcului însoţită şi de o primă hartă evidenţiindu-se faptul că această zonă este printre ultimele zone naturale de carst împădurit de asemenea dimensiuni din Europa.

Primul act normativ prin care a fost declarat parcul, iniţial ca şi "Parcul Naţional Apuseni” a fost Ordinul de Ministru 7/1990, urmat, după zece ani, de Legea 5/2000 privind amenajarea teritoriului, Secţiunea a III-a, arii protejate, unde este menţionat ca „Parcul Natural Munţii Apuseni”.

În 1992 s-a realizat de către Institutul de Cercetări Biologice din Cluj-Napoca "Studiul de fundamentare privind organizarea reţelei de arii protejate pe teritoriul ţării", care a stat la baza deciziei finale de instituire a parcului.

Prin Hotărârea de Guvern 230/2003 s-au stabilit limitele "Parcului Natural Apuseni” care au dat şi suprafaţa totală de 75.784 ha. Începând cu anul 2004, s-a înfiinţat Administraţia Parcului Natural Apuseni ca subunitate a Regiei Naţionale a Pădurilor - Romsilva – Direcţia Silvică Oradea în urma semnării contractului de administrare a Parcului între Regia Naţională a Pădurilor - Romsilva şi Ministerul Mediului şi Gospodăririi Apelor.