Ebben a növényzeti zónában dominál a lucfenyő (Picea abies) és a jegenyefenyő (Abies alba), de ritkábban előfordul még a vörösfenyő (Larix decidua) és a tiszafa (Taxus baccata) is.
A NySzTT karsztplatóin a hőmérsékleti inverzió következtében helyenként a tobozosok teljesen eltűnnek és bükkerdőknek (Fagus silvatica) adják át a helyüket, melyek ilymódon közvetlenül válnak határosakká az alpesi legelőkkel.

A lombhullató és a tűlevelű erdők határa 600 – 1300 m magasságban található; ám a domborzat, az altalaj és a mikroklíma függvényében, helyenként a növényzet inverziója jöhet létre.

A mészköves területek sajátos arculatúak, a fennsíkoktól vagy a sziklás vidékektől helyenként teljesen eltérnek. Az Öreghavas, Pádis, Ocoale, Mărşoaia és Ursoaia meszkőfennsíkokon a vízhiány következtében szinte teljesen hiányzik a fás növényzet; az itt megjelenő hegyi legelők kialakulása nem magyarázható kizárólagosan a tengerszinthez viszonyított magassággal. Különleges növénytársulások jelennek meg ezeken a sajátos környezetben kialakuló alpesi legelőkön. Jellemzőjük az is, hogy központi részeik igen gazdagok gyepfélékben, a mészkőfennsíkok széleit pedig szinte mindig erdők borítják. Ezek a gyepek többnyire a kivágott erdők helyét vették át és a pázsitfűfélék csoportjába tartoznak.A hőmérséklet inverziója következtében ezeknek a zárt medencéknek a központi részén jelennek meg a lucosok, míg a lombhullató erdők a környező csúcsokon nőnek; jellegzetes példája ennek a Pádis-medence.
A legelők és kaszálók a növények elképesztő sokszínűségével jellemezhetők: az itt  leírt növényfajok száma jelenleg 420 körül található.

Helyenként a speciális mikroklimatikus körülmények miatt az északi szélességi körön megszokott növényzet jelenik meg szokatlanul déli elhelyezkedéssel; ugyanakkor tipikusan alpesi fajok fordulnak elő viszonylag alacsony tengerszinthez viszonyított magasságban. A nagyobb dolinák alján a levegő hőmérsékleti szintesedésének következtében a vegetatív szezon kezdete késést mutat. Ugyanakkor a barlangok bejáratánál az árnyékos és nyirkos zónákra jellemző növényzet jelenik meg.

Szintén sajátos a folyóvölgyek nedves környezetében megjelenő növényzet. A lankák tipikus fás növényei: a fűzfafélék  (Salix alba, Salix purpurea, Salix triandra), a fekete nyár (Plopus nigra), az enyves éger (Alnus glutinosa), míg a fűfélék közül a sás (Carex sp.), a sárga nőszirom (Iris pseudaccorus), stb. Ez a jellegzetesen lankás növényzet elsősorban a Nagy-Aranyos mentén jellemző.
Ugyancsak a víz jelenlétével magyarázható a tőzeglápok megjelenése viszonylag nagyobb magasságokban, elsősorban a lucfenyő erdőkben. Ezek a lápok szilikátos rétegeken jönnek létre szinte teljesen vízszintes felületeken (Molhasurile de la Izbuce), vagy karsztvidékeken, ahol dolinák alját agyagréteg teszi vízhatlanná  (Padis, Barsa, Onceasa, Varasoaia).

Ezeknek a lápoknak a növényzete jellegzetesen oligotróf, lassú növekedésű fajokból tevődik össze, főleg különböző tőzegmohákból (Sphagnum), melyek életmódjuk révén meghatározzák a lápban végbemenő reakciókat, a láp vegyi összetételét, teljes fizionómiáját és az életkörülményeit. A tőzegmoha, mely a tőzegláp növényzetének alapját képezi, párnácska alakban kezd fejlődni és gyorsan növekszik. Ezeket a párnácskákat szúrják át aztán a tőzegáfonya (Vaccnium microcarpum), a kereklevelű harmatfű (Drosera rotundifolia), a  tőzegrozmaring (Andromeda polifolia) és különböző sásfélék (Carex pauciflora, Eriophorum vaginatum, Carex limosa, Carex rostrata, stb). A dagadólápokból rendkívül érdekes növényi társulásokat írtak le. Az elemzett fitocenózisok (Pop és tsai., 1987) az alábbi növényi társulásokba sorolhatók: Eriophoro vaginato – Sphagnetum (mely összetevőinek köszönhetően a legnagyobb mennyiségű tőzegláp keletkezését okozta), Caricetum limosae, Rynosporetum albae, Vaccino – Pinetum mugi, Carici rostratae – Sphagnetum és Carici stelulatae – Sphagnatum (a tőzeglápok szélén megjelenő, mezotróf mocsarak felé mutató átmeneti fitocenózisok).
 A Molhasurile de la Izbuce relikt mocsarában a boróka/gyalogfenyő (Pinus mugo) néhány telepe is megjelenik, ez lévén a növény legalacsonyabban talalható fellelhetőségi  pontja a Nyugati-szigethegységben (Pop, 1939). Növénytani összetéetelük tekintetében a láp DK-i részen elhelyezkedő borókatelepek leginkább a Tátrában talalható borókásokra hasonlítanak (Hadac, 1969; Pop és tsai., 1987); ám mégis eltérnek azoktól a tőzegmohák bősége és domináciája miatt, fokozott hidrofil jellegük miatt  (37,5 %), valamint a fokozottan  savkedvelő fajok erős beszivárgása (25%) miatt. Ilyen megfontolásokból  Pop és társai (1987) ezeket a borókásokat egy új társulásba sorolják: a Sphagnetosum – Vaccino pinetum mugi társulásba..

A következőkben röviden ismertetjük növénytani és ökológiai szemponból azokat a növénytársulásokat, melyek a NySzTT sajátos arculatát adják:
Sedo hispanci – Poetum nemoralis. A Szegyestel-völgy, a Boga-völgy, a Galbina-völgy és az Ördöngös-szoros félárnyékos mészkőszikláin lelhető fel.
Thymetum comosi. A Thymus comosus által meghatározott társulás az Ördöngös-szoros apróbb vagy darabosabb, stabil vagy mozgékony kőgörgetegein jelenik meg.
Parietarietum officinalis. Az árnyékos vagy félárnyékos, stabilizálódott mészkő-görgetegeken alakult ki (pl. Galbina-kanyon).
Scorzonero roseae-Festucetum nigricantis. Ez a társulás gyakori a park teljes területén a hegyi- és szubalpin övezetben (pl. Mikó-havas, Viszhangos-kő, Horgas-havas, stb.).

Violo declinate – Nardetum. Szintén a hegyi és szubalpin övezetre jellemző, ott, ahol a talaj a fentiekben jelzetteknél szegényebb.
Seslerietum rigidae. Gyakori növénytársulás árnyékos vagy félárnyékos hegyi sziklákon (pl. Szamos-bazár, Bulz-kő, Boga-völgy, Ördöngös-szoros, stb)
Epilobio-Juncetum effusi. A békaszittyó (Juncus effusus) által meghatározott társulások a folyók lankáin és a völgyek teraszain jelennek meg (pl. Calineasa, Poiana Horea), táplálékszegény, hordalékos talajokban.
Festuco-Agrostetum capillaris. Ezek a mezofil gyepek a park teljes területén, a bükkerdők felső határáig jelen vannak (pl. Szegyestel, Bulz, Mikó-havas, Ördöngös-szoros, Galbina-völgy, stb.).

Caricetum limosae. Ezt a növényföldrajzi szempontból rendkívül ritka és érdekes társulást a park területén a hegyvidéki, oligotróf mocsarakból írták le. Vele együtt jelenik meg a Sphagno-Rhyncosporetorum albae társulás is.
Junco-Caricetum fuscae, Sphagnetum magellanci és Carici-flavae-Eriophoretum latifolii. A Calineasa-völgy, a Pádis-fennsík, a Molhasurile de la Izbuce, a Szegyestel-völgy eumezotróf mocsaraiban jelenik meg.
Calamagrosti-Digitalietum. A bükkösök, illetve a bükkös-lucos vegyeserdők szintjén, az erdőtlenített területeken jelenik meg (pl. Szegyestel-völgy, Galbina-völgy, Horgas-havas, stb.).
Carpino-Fagetum. Ezek az erdők nagyon gyakoriak a Szegyestel-völgy, a Galbina-völgy, az Albac-völgy, stb. árnyékos és félárnyékos hegyoldalain, az alsó-hegyvidéki szinten.
Symphyto-Fagetum. Ezeket a tiszta bükkösöket a park területén bárhol megtalálhatjuk 600 és 1100 m közötti szinten (pl. Boga-völgy, Galbina-völgy, Garda-völgy, Meleg-Szamos völgye, stb.).
Leuchantemo waldsteinii-Fagetum. (Ördöngös-szoros, Albac-völgy, Garda-völgy, stb.).
Hieracio rotundati-Piceetum. Ezek a széles kiterjedésű erdők a park területén (Calineasa, Padis, Mikó, Ördöngös, Meleg-Szamos, stb.) a lucfenyősök övezetét alkotják.

Campanulo-Juniperetum. A törpeborókából álló cserjések a szubalpin övezetben, a park északi gerincén, a Poieni - és a Dealul Paltinetului-csúcsok között húzódnak meg, csoportosulásaik a lucfenyősök felső határán levő tisztásokon és erdőritkításokon (1400-1600 m) lelhetők fel leginkább.

A NySzTT területéről a sajátos környezeti tényezőknek tulajdoníthatóan számos endémikus fajt írtak le: Jósika-orgona v. erdélyi orgona  (Syringa josikae), sisakvirág (Aconitum calibrotryon ssp. skarisorensis), az elsőként innen leírt nyalábcsengőke (Edraiantus kitaibeli), valamint a kéküstökű csormolya (Melamphyrum bihariense).